科研动态

研究人员开发土壤环境分子生物学新方法

来源: 时间:2021-04-14

  近日,vns7908威尼斯城官网生态环境与土壤研究所孙蔚旻研究员团队,自主开发了分子生物学新方法(稳定同位素示踪-宏基因组分箱联用技术),并利用该方法在好氧锑氧化基础研究方面取得了新进展。相关研究成果《Bacteria responsible for antimonite oxidation in antimony-contaminated soil revealed by DNA-SIP coupled to metagenomics》发表在国际环境领域权威期刊《FEMS Microbiology Ecology》。

  该方法采用室内微宇宙培养实验,通过对稳定同位素示踪(stable isotope probing,SIP)-宏基因组分箱联用技术进行优化,将SIP直接与宏基因组测序技术相结合,省略了16S rRNA高通量测序步骤;同时,以13C-NaHCO3为唯一碳源,锚定了土壤中驱动好氧锑氧化过程的自养型功能微生物,揭示了这些功能微生物的代谢途径,解析了非淹水期锑污染水稻土壤中的好氧锑氧化过程。

  孙蔚旻自组建团队以来,成功开发并应用分子生物学新方法(稳定同位素示踪-宏基因组分箱联用平台),积极开展相关功能微生物类群鉴定和代谢途径等方面的研究工作,不断通过技术方法的创新,进一步优化完善该技术平台的应用能力。


SIP-宏基因组测序分析直接联用技术路线图

  论文信息:

  Miaomiao Zhang, Max Kolton, Zhe Li, Hanzhi Lin, Fangbai Li, Guimei Lu, Pin Gao, Xiaoxu Sun, Rui Xu, Fuqing Xu, Weimin Sun,2021. Bacteria responsible for antimonite oxidation in antimony-contaminated soil revealed by DNA-SIP coupled to metagenomics. https://doi.org/10.1021/acs.est.0c01601

  (省科学院土壤环境所土壤生态修复团队  张苗苗/供稿)

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